テレビアニメや実寫映畫など様々なメディア展開(kāi)で人気を集めてきた大和和紀(jì)原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ＆キャスト陣で映畫化した劇場(chǎng)版アニメ2部作の後編。大正時(shí)代。女學(xué)生の花村紅緒は伊集院忍少尉と出會(huì)うが、彼が自分の許婚であることを知って反発する。やがて2人は許婚という関係を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を諦めきれない紅緒の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命貴族サーシャ?ミハイロフが現(xiàn)われる。愛(ài)する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける紅緒を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長(zhǎng)?青江冬星だった。そんな中、驚くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。