200年前，超元世界的人類和來自其他世界的怪獸發生了戰爭。為了對抗強大的怪獸，人類發明了超元卡裝置，將怪獸封印在超元卡中，結束了戰爭。主人公云天曾是一位熱愛超元卡比賽的少年，但是體質特殊的他無法控制好超元卡中的怪獸能量。一天，他意外從爸爸發掘的古遺跡中獲得了一個神奇的卡盒。云天決定前往尋找4張傳說超元卡，希望用向超元卡許愿的方式找回哥哥。就這樣，云天告別了父母，踏上旅程