四個情同手足的烏龜少年一直生活在人類城市隱秘的下水管道中，他們渴望成為這個城市的英雄，被人接受。在人類朋友愛普莉爾的幫助下，四位忍者神龜開始追蹤一個神秘的犯罪集團，但隨著一支強大變種生物軍隊的降臨，同樣屬于變種生物的忍者神龜們知道，這下大麻煩來了……